淡水珍珠与海水珍珠(以南珠为例)的养殖技术是不同的，因此结构也有所不同。淡水珍珠是无核的，所有的成分都由珍珠质组成，因此若以淡水珍珠制成珍珠粉，不存在其它物质混杂。而海水珍珠是有核的，其核一般由猪蹄蚌的贝壳磨成，珍珠质仅覆盖于表面，厚0.1~0.3毫米，生长期1年左右(淡水珠达4~5年)。但如果海水珍珠要加工成100%的珍珠粉，必须先去掉内核，成本很高，也不易加工。
药用记载
珍珠药用在中国已有2000余年历史。三国时的医书《名医别录》、梁代的《本草经集》、唐代的《海药本草》、宋代的《开宝本草》、明代的《本草纲目》、清代的《雷公药性赋》等19种医药古籍，都对珍珠的疗效有明确的记载。
梁代陶弘景在《本草经集》中说，珍珠“有治目肤翳，止泄”等作用。唐代的《海药本草》认为，珍珠可以明目、除晕、止泄。在元朝，商人们常在水中加蜜糖和珍珠粉饮用，认为它既可以滋补，又可以防暑。元好问在《续夷坚志》中记载：“洮水冬日结小冰……圆洁如珠……盛夏以蜜水调之，加珍珠粉。”
明代李时珍更加重视珍珠的药理作用，认为珍珠的药效在美肤，因而在《本草纲目》中特别写道:“珍珠味咸甘寒无毒，镇心点目；珍珠涂面，令人润泽好颜色。涂手足，去皮肤逆胪；坠痰，除面斑，止泻；除小儿惊热，安魂魄；止遗精白浊，解痘疗毒。……令光泽洁白”等。同时，它还记载了珍珠药用的多种方法。
明代陈继儒转引《独异志》说，唐武宗李炎在位时，宰相李德裕以珠宝粉、雄黄、朱砂煎汁为羹，每食一杯约耗钱三万，过三煎则弃其渣。当时流行炼丹术，人们认为，珍珠粉、雄黄等物，经过提炼后服用可长生不老，鹤发童颜。
