由于中药的成分复杂，化学结构难以定性，因此，在中西医结合治疗中还存在中西药物配伍禁忌的问题。常见的中西药配伍禁忌主要可分为如下几类。
降低疗效或增加毒副作用
中药四季青、黄药子对肝脏有损害作用，如配伍四环素，除降低前二者的疗效外，还可增加它们的毒性；石榴皮、地榆、诃子、五味子与红霉素联用，易发生药物中毒性肝炎；中药川乌、草乌、附子以及含有这类药物和生物碱的中成药，如小活络丹、三七片、元胡止痛片、黄连素等与氨基糖苷类药物合用，可增强对听神经的毒性。
复方丹参注射液与抗癌药物配伍，如环磷酰胺、氟尿嘧啶、阿糖胞苷、丝裂霉素等，配伍应用后对肿瘤细胞不仅无抑制作用，反而会促进恶性肿瘤的转移；阿托品具有解除迷走神经对心脏的抑制作用而使心率加速，与丹参及其制剂配伍后，丹参所具有的降低血压功效，可被阿托品所阻断，从而使丹参的药效降低。丹参中所含的活性成分丹参酮能拮抗雄性激素的作用，若与甲基睾丸素、丙酸睾丸素等雄性激素配伍，可以降低雄性激素的活性，影响其疗效。
含乙醇的中成药如国公酒、藿香正气水、风湿止痛药酒、人参酒等与苯巴比妥、苯妥英钠、安乃近及降血糖西药合用，则因乙醇的药酶诱导作用，增加对肝药酶的活性，使上述西药在体内的代谢加快、半衰期缩短，以致显著降低疗效。
含蛋白质及其水解产物的中成药，如珍珠丸、清热解毒丸、牛黄解毒丸等，不宜与黄连素同服，因所含蛋白质等成分可拮抗黄连素的抗菌作用。血余炭、艾叶炭、煅瓦楞能吸附多种抗生素，减少其在胃肠道内的有效浓度。茵陈可拮抗氯霉素的抗感染能力。
含牛黄的中成药，如牛黄解毒丸、安宫牛黄丸等，不宜与水合氯醛、吗啡、苯巴比妥等西药联用，因为牛黄能增加水合氯醛、吗啡、苯巴比妥的中枢神经抑制作用，可能出现急性中毒，如昏睡、呼吸中枢抑制、低血压等。
