关于治疗各种慢性疾病
1.治疗心病黄连能治疗各种慢性心脏疾病，与玉竹、鬼箭羽、吴茱萸同用以强心，治疗冠心病、病毒性心肌炎和免疫性心肌损害之心动过速、早搏、T波改变。
2.治疗肝胆病黄连与柴胡、黄芩、广郁金等配合，可保肝利胆，治疗慢性肝炎、慢性胆囊炎、慢性胰腺炎。
3.治疗泌尿道感染对肾盂肾炎、膀胱炎、尿道炎等急慢性泌尿道感染性疾病清化下焦湿热，中医习惯上使用黄柏为多，但黄连也是使用的。
4.治疗消渴症黄连治疗消渴症是中医的传统。《本草纲目》消渴尿多有4个附方，其中有三方是单味黄连，一方是黄连、栝蒌根、地黄汁、牛乳，制丸。后《本草备要》记载：“单用能治消渴”。
关于免疫病的治疗
对免疫病的治疗，黄连与生地、黄芩同用，以清热、抑制免疫、抗过敏;与生石膏、知母、生地同用，以治疗免疫病发热和干燥综合征并发腮腺炎;与土茯苓、黄芩同用以治疗口腔溃疡;与徐长卿、焦决明同用，以治疗葡萄膜炎;与地肤子、生地、青蒿同用以治疗皮疹、红斑;黄连有促进唾液分泌作用，与生地、鲜芦根、生石膏同用，可改善口干等。
关于保护和调节胃肠功能
有许多中药剂量稍大或长期服用会出现胃肠道反应。甘寒助湿呆胃，苦寒损脾滑肠。有的药引起胃痛、食欲减退;有的药引起便稀、次数增多。
黄连的功效
原有的疾病还必须继续治疗。这种情况，加用黄连可以保护胃肠功能，以免长期服药而影响脾胃。
胃的问题在复方中可加用黄连、吴茱萸、佛手、白豆蔻等;滑肠问题可加用黄连、炮姜、芡实、木香等。这是由于黄连既调节了胃肠功能，又抑制了肠液分泌。中医所谓的燥湿功效。其配伍诸药加强了黄连的作用和效果。
对大便于结的病人，服用黄连会使大便更加干结。
