另一种情况是肾气虚引起的打喷嚏。身体里的卫气，是抵御外邪的主要力量，它根源于人体的下焦肾，滋养于中焦脾，宣发于上焦肺。如果人体的肾气虚弱，卫气的来源就会不足，到达卫气的宣发通道——肺的卫气就少，肺就不能正常宣发卫气，于是出现打喷嚏的现象。
肾气虚引起的打喷嚏，往往是喷嚏频频，经久不止，同时伴有疲乏无力、腰膝酸软或疼痛、面色无华、怕冷、手足不温等症状，以过敏性鼻炎患者为多。对于肾气虚引起的打喷嚏，仅仅靠祛邪是难以治愈的，应补肾以固本，让肾气旺盛，卫气充足，身体抵御外邪的能力增强。
与打喷嚏相关的肾虚有肾阴虚证和肾阳虚证两种。
有肾阴虚证的人，除了喷嚏频频、日久不愈外，还伴有鼻痒、流浊鼻涕、咽干咽痛、头昏耳鸣、五心烦热等症状，若看看舌头，还会发现舌质红、舌苔少等现象。
有肾阳虚证的人，除了喷嚏频频、日久不愈外，还伴有鼻塞、流清鼻涕不止（早晚时较重）、畏寒、四肢不温、面色无华、腰膝酸软等症状，如果看看舌头，还会发现舌质淡、舌苔白等现象。
