剖腹产可降低新生儿免疫力及抗感染能力，增加新生儿感染的机会。因此专家建议，在条件允许的情况下，产妇最好自然分娩，这样更有利于新生儿健康。
隐患一：麻醉对胎宝宝的影响
几乎所有的麻醉药及镇痛药对中枢系统都有抑制作用，都较易通过胎盘屏障而进入胎儿体内。胎盘的一个重要的作用就是充当胎儿的肺，进行着气体的交换。但实际气体交换的效率只有肺的1/150。母体血液输送的氧气要通过胎盘的绒毛间隙进入胎儿血液循环，胎儿血中的二氧化碳也要通过弥散的方式进入母体血液循环。
麻醉药物会通过两种方式对胎儿产生影响，即直接抑制胎儿呼吸、循环中枢，或通过抑制母体呼吸循环而间接对胎儿产生影响。过量的麻醉药或手术中妈妈出现了因呼吸抑制的低氧血症，都会影响宝宝的氧气供应和代谢废物的排出，直接威胁着宝宝的生命安全。因此，在选择剖宫产麻醉时，医生必须慎重考虑用药的种类、剂量、时机和方法，以防止对胎儿产生直接或间接的不利影响。
隐患二：剖腹产男婴免疫力更低
据报道，同样是剖腹产，男婴比女婴的免疫力更容易下降。剖腹产真的对不同性别的婴儿有不同影响吗?
产科医生抽取刚刚出生的63名女婴和69名男婴的静脉血，将其中的免疫球蛋白进行对比。其中自然分娩68例，剖宫产64例。研究表明，自然分娩的男婴与女婴免疫力差别不大;与自然分娩相比，剖腹产新生儿的免疫力及抗感染能力相对较差，这一现象在男婴身上表现得更为突出。
专家解释说，控制免疫球蛋白合成的基因(主要用于增加人体免疫力)，位于人体X染色体中，而女性的 这种染色体比男性要多一个，因此，女婴的免疫力比男婴强。
