黄连是民间常用于治疗新生儿黄疸的传统药物。有不少新生婴儿出现黄疸时，家里的老辈便喂黄连水给婴儿服。
黄连除了含小檗碱（黄连素）外，还含黄连碱、甲基黄连碱、掌叶防己碱、巴马亭和药根碱。黄连有广谱抗菌作用，可治疗细菌性痢疾、伤寒、脓肿、中耳炎、湿疹等等。若黄疸因感染引起，那么，黄连有助于控制病情。黄连所含的生物碱可以舒张血管，所含的其他生物碱如甲基黄连碱、掌叶防己碱等，可以对子宫和肠道平滑肌产生兴奋性作用，促使或增加肠道蠕动，把胎粪排出，这也许是服用黄连排胎毒的原理。黄连素消除黄疸的主要作用是利胆，它促进胆汁分泌，稀释胆汁。
然而，黄连素会与胆红素竞争体内的蛋白质，把已与体内蛋白质紧紧结合的胆红素置换（移置），使胆红素游离于体内，流入脑部与脑核细胞结合，引起脑核黄，造成无可补救（不可逆）的破坏。侥幸生还的婴儿，会留下聋哑、学习障碍、智力发育缓慢，以及大脑瘫痪、痉挛、动作失调如手足徐动等严重后遗症。所以不宜以黄连治疗新生儿黄疸。
更值得注意的是，若是给6磷酸葡萄糖脱氢酶（G6PD酶）缺乏症婴儿服用黄连，它所含的小檗碱或黄连素会引起急性溶血，使体内大量红血球破裂，出现严重黄疸以及脑核黄，传统医学属“急黄”范畴。G6PD酶缺乏是性染色体隐性遗传，以男孩居多，男孩是女孩的3到4倍。广东、福建、台湾等南方地域患6磷酸葡萄糖脱氢酶缺乏症的人较多，故服用黄连等引起严重黄疸的病例较多。
