玛卡是一种一年生草本植物。其地下部分的块状根茎，长10至14厘米、直径在最宽部分3至5厘米，周长为15厘米；形似小萝卜，自然界发现有两种类型的颜色，黄色和紫色，质地稠密具有一定硬度。植物的须根呈白色，长达15厘米，在各个方向上大量延伸。叶子的长度为20至23厘米，具齿痕，叶形二回羽状分裂，长8至13厘米，宽3厘米，生长垂向地面。叶柄很结实，可达到的长度超过10厘米，二级茎形成分支，长10到16厘米。
玛卡是独行菜属中唯一生有肥厚的下胚轴的物种。下胚轴与根融合，形成了一个粗糙倒梨形的块根。玛卡根部的形状和体积差距很大，有三角形、椭圆形或矩形。玛卡的下胚轴可能呈金色或者淡黄色、红色、紫色、蓝色、黑色或者绿色。每一株都被认为是独特的基因品种。特别的性状（主要指根的颜色）会根据其不同营养和治疗特性而被特别的人工选 培育。在秘鲁，淡黄色的根最常见，形状、味道也最好。
颜色较深的玛卡根，如红色、紫色、黑色，含有较多的碘，黑色玛卡被认为是强壮与精力的代表，口感上兼顾了甜与微苦。红色玛卡比较受欢迎，临床证据上显示红色可以治疗老鼠的前列腺肥大。
营养
意大利科学家Dini A在1994年首次系统地得出了玛卡干根中的
化学组成成份：蛋白质含量为10%以上（胡宁湖畔的玛卡品种的蛋白质含量超过14%），59%的碳水化合物；8.5%的纤维，内含丰富的锌、钙、铁、钛、铷、钾、钠、铜、锰、镁、锶、磷、碘等矿物质，并含有维生素C、B1、B2、B6、A、E、B12、B5 ，脂肪含量不高但其中多为不饱和脂肪酸，亚油酸和亚麻酸的含量达53%以上，天然活性成份包括生物碱、芥子油苷及其分解产物异硫氰酸苄酯、甾醇、多酚类物质等。1999年，美国科学家发现了玛卡中含有两类新的植物活性成份，玛卡酰胺（macamides）和玛卡稀（macaenes），并确定这两种物质对平衡人体荷尔蒙分泌有显著作用，所以玛卡又被称为天然荷尔蒙发动机。在玛卡产品的针对性研究中，又发现了几种特殊的玛卡生物碱，随着研究的深入，玛卡中还会有更多的具有活性的新物质被分离和鉴定。
