灵芝孢子粉初服者有便秘或排黑便现象属正常；个别肠胃不佳患者出现轻微腹泻现象，也属正常，待几日后可恢复。极个别人出现严重腹泻，应停止服用。
长期患病的人更要吃灵芝孢子粉。许多研究都证实：灵芝与西药有相辅相成的效果，可以较少的西药剂量，达到最佳的疗效，同时减少副作用的产生，减轻肝脏的负荷，保护体内正常细胞不受西药的伤害，以及缩短治疗的时间，增长寿命。其整体效果均远比单吃灵芝孢子粉要来得好。例如：糖尿病、高血压、恶性肿瘤等重大疾病。当然，对于一般疾病，像感冒、过敏等，灵芝配合着西药吃，也都有加倍效果。总之灵芝和其它食品、药品一起服用基本上没禁忌，但是要是服用抗生素之类的药物最好间隔半个小时左右。
一、70度温开水冲服灵芝孢子粉，是最具药用价值的食用方法。
灵芝孢子粉是一种亦药亦食的养生品，所以过多的服用，也不会起到任何副作用。70度温开水冲服灵芝孢子粉，有利于营养物质充分溶解，被人体有效吸收。破壁后的灵芝孢子粉不宜高温开水冲泡或煎煮食用，高温下会导致灵芝孢子中的灵芝三萜药理、灵芝多糖成分氧化变质，造成过氧化指超标，不宜食用。
二、服用灵芝孢子粉必须足量，坚持较长时间才会更有效。
有些人吃灵芝孢子粉觉得没有想象中的效果，最主要的原因就是没有足量和较长时间坚持吃。老年人之所以信任孢子粉，是因为他们会坚持吃，而且灵芝孢子粉对病态体质效果会更明显。常感冒、口腔溃疡、头痛、口干喉痛、精力不足、睡眠质量差的朋友，只要你坚持吃，这些亚健康症状会从你身上消失。
