水菖蒲：
根茎扁圆柱形，少有分枝，长10～24cm，直径1～1.5cm。表面类白色至棕红色，有细纵纹；节间长0.2～1.5cm，上侧有凹陷的圆点状根痕，节上残留棕红色毛须。质硬，折断面呈海绵样，类白色或淡棕色；横切面内皮层环明显，有多数小空洞及维管束小点。气较浓烈而特异，味苦、辛。
石菖蒲：
根茎呈扁圆柱形，稍弯曲，常有分枝，长3～20cm，直径0.3～1cm。表面棕褐色、棕红色或灰黄色，粗糙，多环节，节间长0.2～0.8cm，上侧有略呈扁三角形的叶痕，左右交互排列，下侧有圆点状根痕，节部有时残留有毛鳞状叶基。质硬脆，折断面呈纤维性，类白色或微红色；横切面内皮层环明显，可见多数维管束小点及棕色油点。气芳香，味苦、微辛。
水菖蒲与石菖蒲的功效区别
石菖蒲性温，味辛、苦，归心、胃经，有化湿开胃、开窍豁痰、醒神益智的功能，用于脘痞不饥、噤口下痢、神昏癫痫、健忘耳聋等病症。水菖蒲性温，味辛、苦，归心、肝、胃经，具有化痰开窍、除湿健胃、杀虫止痒的功效，主要用于治疗痰厥昏迷、中风、癫痫、惊悸健忘、耳鸣耳聋、食积腹痛、痢疾泄泻、风湿疼痛、湿疹、疥疮等病症。二者均有开胃进食、化痰止咳、开窍醒神之功。但石菖蒲开窍力稍强，水菖蒲除湿力稍大，尤其对痈肿、疮疥、湿疹等疗效较佳。
水菖蒲全草多含芳香油树脂和挥发性油，可以提神通窍，吸附空气中微尘。古人夜读，常在油灯下放置一盆菖蒲，既可免灯烟熏眼之苦，又能清雅养眼。有人取菖蒲叶尖上的露水来洗眼睛，也有很好的明目功效。用水菖蒲、艾叶、雄黄合剂烟熏，还可消毒空气、净化环境。
