口腔溃疡发生的病因复杂，目前还有一些病因尚不明确。不过，美国维斯康辛医学院HalimHennes博士、托莱多市圣文森特摩西医疗中心临床助理教授MichaelC Plewa.等人认为，有一些致病因素目前是可以确定的，如：
A）牙膏和漱口水中包含钠十二烷醇硫酸盐，这是一种泡沫试剂，存在于牙膏和漱口水中。许多研究显示，钠十二烷醇硫酸盐能增加患口腔溃疡的风险，因为它去除了口中的保护层即黏液素。
B）意外受伤，占口腔溃疡患者的38%。用制作粗糙的假牙套、牙刷或吃太烫的食物引起的意外创伤，都容易得此病。
C）精神因素，如长期感到压力很大，精神紧张波动，非常疲劳的人易患此病。
D）营养缺乏，缺铁、锌、硒、钙、叶酸、维生素B1、B2、B6、B12、维生素C等。多项实验结果显示，人体缺乏铁和维生素B族会引起非常高的发病率。特别是缺乏维生素B2会增加此病的风险。许多初步实验和病例报告中指出，缺乏锌同样也会引起口腔溃疡。
E）患者免疫能力下降，如对食物过敏和敏感。研究发现，对食物过敏的患者占口腔溃疡患者的一半。
F）遗传因素，父母中一方曾患此病，其子女得病的几率是35%，同卵双胞胎几率是91%，异卵双胞胎的得病率是57%。
