湿疹 每日用温水清洗患处后，直接用藿香正气水外涂患处，每天3～5次，连用3～5天。
头癣、手足癣、灰指甲 现代医学认为皮肤癣、灰指甲由皮肤癣菌感染引起，夏季常易复发，而组成藿香正气水的藿香、紫苏、白芷、桔梗分别对多种致病真菌有较强的抑制作用，故而在临床中治疗头癣、手足癣、灰指甲有较好的疗效。用藿香正气水涂擦患处，每日1～2次，也可每日多擦几次。5天为一疗程，一般1～2个疗程即可见效。
外痔 每次用藿香正气水2支加凉开水1000毫升，以药棉擦洗，每日2次。在炎症期有消炎止痛作用。
晕车晕船 乘坐车、船前，可用药棉蘸取藿香正气水敷于肚脐内，也可在乘车前5分钟口服一支藿香正气水（儿童酌减），可预防晕车晕船。
婴幼儿腹泻 取干净纱布一块，折叠成4～6层置于患儿肚脐处，将藿香正气水置水中预热，待药温适宜时倒入纱布上，以充盈不溢为度，用塑料布覆盖纱布后，再用医用胶布固定，2～3小时后取下，每日2～3次，一般2日即可见效。对于腹泻较重、中度以上脱水者要及时补液。
外阴瘙痒 用藿香正气水10毫升，凉开水500毫升，混合后清洗外阴，男女皆可应用。
蚊虫叮咬 藿香正气水还可治蚊虫叮咬，涂药半小时左右瘙痒可减轻或消失。
应当注意，藿香正气水也有不良反应，如个别患者服用本品后可出现过敏性皮疹、过敏性休克、过敏性紫癜以及心动过速等不良反应。因此，使用本药时要注意用药安全，特别是有过敏体质者，最好在医生指导下服用。
