方剂配伍方法有多种，但七情配伍是中药配伍的基本形式，君臣佐使是方剂配伍的主要规则。主要有以下方法
1.文献理论研究方法
从经典配伍实例中获得中药复方配伍的规律性认识 如相须相使配伍，能增强药效 相畏相杀配伍，可制约毒性 相恶相反配伍，可增毒减效等。已开始转向应用主因子分析，聚类分析等统计方法对类方方证内涵或方剂配伍特征予以研究，利用计算机技术对古今方剂进行逻辑处理，以客观、更深入地认识方剂的配伍结构，从中医证法方药内在逻辑上揭示方剂配伍和运用规律。
2.临床验证研究方法
即通过临床的医疗实践，考察药物组成变化、药物剂量变化与主治证、疗效之间的关系。疗效可靠的方剂，不仅要针对性强，恰中病情，还须立方严谨，用药主次分明，要做到一点就必须善于巧妙配伍。如黄连配木香善治热痢里急后重，配吴茱萸长于治肝火腹痛吞酸，配肉桂则治心肾不交之失眠。剂量是药性的基础，也是决定药物配伍后发生药效、药性变化的重要因素。以当归补血汤为例，文献记载的当归 黄芪之比除1∶5外，还有1∶6（《外科理例》），1∶4（《医学心悟》、《时方歌括》），1∶3（《医部全录》），1∶2（《血证论》），2∶5（《东医宝鉴》），3∶8（《医学入门》），3∶10（《女科撮要》）。而临床观察显示，当归 黄芪为1∶2时偏于养血益气，抗缺氧作用最为显著 为1 1时偏于益气活血兼养血，显著增强红细胞膜流动性。由此可见，不同剂量比例各有自己的作用优势。
3.实验研究方法 考察复方配伍、配比与化学成分、药理效应变化之间的相互关系。
①化学研究方法 研究配伍或煎煮制备过程中化学成分所发生的量的变化和质的改变。如甘草酸具有抗过敏、抗炎作用，这与麻黄汤止咳平喘功效有密切关系。采用HPLC测定麻黄汤各药分煎与合煎后甘草酸的含量发现，合煎后的分量》 甘草单煎的分量。用HPLC法测定肉桂与黄连不同配比对黄连生物碱含量的影响，发现肉桂的配比越大，黄连生物碱的含量越少。中药配伍后还会出现原单味药不含有的成分。如单味的人参、麦冬、五味子在煎煮前均不含5-羟甲基-2-糖醛（5-HMF），单味五味子在煎煮后产生少量5-HMF，而当生脉散三味同煎或五味子、麦冬同煎时，产生大量的5-HMF，而5-HMF具有抗氧化和保护心血管的作用。
②药理研究方法 研究不同配伍配比与药理效应、协调作用、毒性之间的关系。鄢顺琴等通过观察枳实与白术不同比例配伍组方（2∶1 1∶1 1∶2）对胃肠排空推进作用的影响，发现不同配伍比例的枳术丸有不同程度的作用，以枳实与白术比例为1∶2时作用最明显。说明枳术丸原方组方剂量配比关系的合理性，证明中药配伍剂量的变化对中药复方疗效的影响很大。
药对是中药复方配伍的最简单、最基本和最常见的形式，其配伍符合中医七情和合理论和组合原则，具备复方的基本主治功能和疗效，可以通过揭示药对配伍规律阐明复方配伍的科学性。梁日欣等研究了血府逐瘀汤中川芎和赤芍合用及川芎、赤芍单用对高脂血症大鼠降脂、抗氧化及对血管内皮细胞功能的影响，结果表明 两药合用及单用均明显降低血清胆固醇、甘油三酯和低密度脂蛋白水平。揭示在降脂作用方面，两药没有协同作用。但是两药合用能降低血清MDA水平性，增加NO释放。这提示两药在抗氧化及保护血管内皮细胞功能方面，产生协同作用。
配伍还可发挥增效减毒效应。如对四逆汤配伍规律研究发现，附子虽有一定的强心作用，但并不强，配以强心作用并不强的干姜后，能明显增强心肌收缩力，扩张冠脉，这与相须之论是一致的。而且，二药配伍后附子的毒性大大降低。说明附子为方中主药，它和干姜配伍即有君臣关系，干姜在方中能助附子增效，又有佐制作用，包括辅佐及制约附子之毒性。
