藿香气味芳香辛温，轻清升浮，善于发散宣通，《本草正义》描述为：“芳香而不嫌其猛烈，温煦而不偏于燥烈”。至于其作用部位，历来就认为主要归于肺、脾胃经。藿香的功能主要集中在三个方面：芳香化湿、发表解暑、和中止呕。
1.湿阻脾胃：中医认为，湿与脾胃的关系最为密切。无论是饮食，还是气候、环境等因素，湿与脾有着特殊的亲和力，所谓的“湿喜困脾”、“脾喜燥而恶湿”。若湿邪作用于脾胃，就势必影响人体对食物的消化吸收和转运以及其他相关功能，从而出现食欲不振、脘腹胀满、肢体困重、口黏乏味、舌苔厚腻，甚则上吐下泻。对其治疗必须祛除困于脾胃的湿浊之邪，藿香是非常理想的药物。藿香气味芳香而悦脾，能化除湿浊而恢复脾胃的功能，正如《本草正义》所指出的：“藿香，清芳微温，善理中焦湿浊痰涎，为醒脾快胃，振动清阳妙品”。常配伍佩兰、砂仁、陈皮、薏苡仁、党参、茯苓等，临床上用于因湿邪引起的脾胃疾病，如胃痛、消化不良、呕吐、泄泻等病证。
2.外感风寒：藿香不但性味芳香，是化湿运脾的要药，而且味辛，发散祛邪，性温，散寒宣通，又作用于肺，故对于风寒外感，肺气失宣，出现诸如恶寒发热、头痛身痛、鼻塞咳嗽，也十分有效，尤其适宜于外感风寒、内伤湿滞的病证。临床上常配伍紫苏、生姜、葛根、防风等药，用于风寒感冒以及一些鼻腔疾病。
3.暑湿伤人：炎炎夏日，酷暑逼人，同时夏季雨水不断，湿气较重，所谓“暑多夹湿”。头上太阳晒，脚下湿气蒸，人处其间，苦不堪当，湿对那些脾胃功能本身不强者的影响就更为显着。常常表现为身热困倦、胸闷腹胀、食欲不振、吐泻交作，许多所谓“疰夏”的人即与之有关。同时，因夏日炎热，汗孔开泄，不少人因贪图寒凉而常常身处冷气中，饮食冰镇饮料等，从而导致一方面暑热难当，另一方面又感受寒邪，从而出现风寒暑湿同时袭人的病证，也就是中医所谓的“阴暑”证。藿香对这类病证的治疗最为合适。因藿香既能辛温发散风寒，又能芳香化除湿邪，同时藿香又是解除暑邪的要药。所以临床上对于一些夏季的风寒感冒、肠胃不适、疰夏，甚至中暑，用藿香配伍扁豆、紫苏、香薷、滑石、陈皮、荷叶、荷梗等药治疗，可以获得理想的疗效。
此外，应用藿香配伍青蒿等可以预防和治疗疟疾。
