孕妇不宜：六神丸含麝香和雄黄等成分，麝香能引起子宫收缩，引起流产或早产，孕妇亦忌雄黄，故孕妇禁用。
婴儿不宜：六神丸含有蟾酥，其有效成分为蟾毒素等，服用过量可引起中毒。故两岁以下的婴儿慎用，新生儿禁用。
不宜与地高辛合用：因心衰或房颤服地高辛的心脏病患者忌服六神丸。二者合用可导致地高辛样中毒，可引起心动过缓和心律失常。
不宜与消化酶合用：六神丸有抑制消化酶的作用，因此不宜与助消化药多酶片、胃蛋白酶及淀粉酶合用，否则会使消化酶降低疗效或失效。
不宜与阿托品联用：六神丸不宜与硫酸盐（如硫酸阿托品、硫酸亚铁等）同服，硫酸盐会促使雄黄中的硫化砷氧化，增加雄黄的毒性反应。
不宜与华素片合用：华素片中含有碘分子，含碘的华素片与含朱砂的六神丸同服，因朱砂中的二价汞能与碘结合，形成碘化汞类有毒汞盐沉淀，可导致药物性肠炎。
此外，由于六神丸性香燥，易败胃，凡脾胃不足、身体虚弱者应慎用或禁用;对本品过敏者忌用。
