专家指出，微波炉食品的胶容器很多都含致癌毒物，这些毒物会随食物进入人体，对消化系统和免疫系统构成额外压力，甚至对生育能力、荷尔蒙平衡、血压、心血管健康和情绪产生不良影响。微波炉的额外辐射也可能影响人的睡眠质素、集中力和体力。
营养师指，微波炉食品营养价值偏低，其含有的蔬果在预先烹调的过程中可能会流失一半维他命C。为了延长保质期和增添口味，微波炉食品更会加入例如盐和糖、饱和脂肪和防腐剂等大量不健康的添加物。营养师说：“微波炉食品很少含有有机食品，且多数是廉价和缺乏营养的食材。”
因此专家建议，若真的有必要进食微波炉食品，应先把食物从胶容器倒进玻璃容器内，再放进微波炉加热。
