虽然药理研究表明，板蓝根对多种病毒与病菌有明显的抑制作用，但不要忘记它是一味苦寒药物。所以，对于上述疾病，只有出现温热、热毒、湿热内盛证候时，才能使用。根据资料分析结合临床实践，归纳出板蓝根五项应用指征为：
1、时行热病、高热神昏。
2、痰热郁肺，咳痰黄稠。
3、肝胆湿热，二便不利。
4、疮疖痈毒，红肿热痈。
5、突然吐衄，血色鲜红。
凡出现上述任何一项，兼见舌红苔腻，脉数有力者，均可选用板蓝根治疗。
若出现以下五种病症者，要慎用之。
1、体质素虚，经常感冒者。
2、慢性胃肠炎患者。
3、低血压、精神不振者。
4、过敏体质者。
5、患血液系统疾病者。
其他如患有胃下垂、消化性溃疡、甲状腺机能减退、心律失常等疾病，也要慎用。近年来，有关板蓝根所致的过敏反应，如消化系统、造血系统不良反应已有不少报道。过敏反应表现为头昏、眼花、胸闷、气短、呕吐、腹泻、腹痛、面色青紫、四肢麻木，或皮疹等，严重者还可以引起过敏性休克，甚至危及生命。
